即位之时，便任命司马道子为太傅，让其代为摄政。凭借着亲叔叔这一特殊身份，司马道子得以顺利地辅佐幼主，进而牢牢掌握住了东晋的大权。
时光荏苒，转眼间来到了隆安元年（公元 397 年）。此时的司马德宗已然年满十六岁，按照常理来说，应当具备一定的理政能力。于是，太傅、会稽王司马道子表面上宣称要将政权归还于皇帝，但实际上，朝政大权依然紧紧握在他的手中，丝毫未曾放松。司马道子此人昏庸无能且生性怯懦，对于那些阿谀奉承、心怀叵测的奸臣之言偏听偏信，整日里只知专注于搜刮民脂民膏以满足自己穷奢极欲的生活需求，丝毫不顾国家政事与百姓死活。如此一来，东晋王朝的朝纲日益败坏腐朽，地方上的各方势力则趁机如野草般疯狂滋长蔓延开来。广大穷苦民众不堪重负，被迫揭竿而起发动起义，此起彼伏的暴动使得东晋王朝原本所剩无几的威望彻底丧失殆尽，中央政府的权力也因此急剧削弱。
时间来到隆安元年（公元 397 年），镇守京口的将领王恭以及驻守江陵的殷仲堪二人，由于对司马道子的所作所为深感愤恨与不满，一怒之下毅然决然地率领各自麾下兵马起兵公然反抗朝廷。与此同时，桓玄、庾楷等一众野心勃勃之人亦闻风而动，纷纷选择响应他们的行动。一时间，四路大军浩浩荡荡向京城进发，来势汹汹。面对这突如其来的巨大危机，司马道子顿时慌了手脚，完全不知该如何应对。慌乱之中，他竟然干脆利落地将手中所有政权一股脑儿地交予其子司马元显掌管。
司马元显倒也算有些手段，经过一番筹谋布局之后，成功地铲除了王恭和殷仲堪这两股强大的势力。然而令人意想不到的是，就在这场混乱局势当中，桓玄趁虚而入迅速占领了江陵，并以此为据点逐步掌控了东晋将近三分之二的广袤领土。
次年，贼心不死的王恭联合庾楷，又伙同荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄等人再度密谋造反。此次叛军一路攻城掠地，势如破竹，径直杀至建康城近郊方才被勉强镇压下去。最终，王恭兵败身死，结束了其短暂而波澜壮阔的一生。
公元400年，孙恩攻会稽，401年，攻浃口、临海、广陵，晋军多次战败，孙恩的叛军甚至直接威胁建康，建康被围困，城内爆发饥荒，后孙恩战败