退起义军，刘裕乘胜追击收复山阴（今浙江绍兴），孙恩逃跑隐匿到海上。
隆安四年（公元 400 年）五月，风云突变，孙恩率领着他那汹涌澎湃的起义大军如狂风骤雨般席卷而来，一举攻占了会稽郡，并残忍地杀害了谢琰。一时间，朝野震惊，人心惶惶。然而，正义之光并未就此熄灭。同年十一月，刘牢之挺身而出，再次统率雄师东征，誓言要剿灭孙恩这股祸乱之源。经过一番激烈鏖战，孙恩终不敌刘牢之的威猛之势，只得仓皇败退。此后，刘牢之屯驻在上虞，以防孙恩卷土重来。同时，他派遣智勇双全的刘裕前往句章城戍守。
句章城，这座小城城墙低矮，兵力匮乏，与来势汹汹的孙恩大军相比，显得如此脆弱不堪。但刘裕毫不畏惧，他身先士卒，一次又一次地亲率部众冲锋陷阵，以无畏的勇气和卓越的军事才能，硬是将起义军屡屡击退，使其无法越雷池半步。无奈之下，孙恩只好率众退回浃口暂作休整。
当时参与东伐之战的众多将领们，其麾下士兵军纪涣散，在所经之地肆意劫掠百姓财物、奸淫妇女，搞得民不聊生，怨声载道。唯有刘裕所统领的部队纪律严明，秋毫无犯，宛如一股清流，深受当地百姓的爱戴和拥护。
隆安五年（公元 401 年）初春，乍暖还寒之时，孙恩贼心不死，妄图一雪前耻，多次调集重兵围攻句章城。然而，每一次进攻都遭到了刘裕顽强的抵抗，均以失败告终。孙恩深知此城难以攻克，但又不甘心就此罢休。于是，在三月，他改变策略，挥师北进，转而攻打海盐县。见此情形，刘裕当机立断，毅然决然地放弃句章城，率军紧追不舍。
海盐县令鲍陋得知刘裕前来驰援，喜出望外，赶忙派出自己的儿子鲍嗣之带领一千名吴地士兵充当前驱部队。然而，刘裕却敏锐地察觉到这些吴人士兵并不擅长陆地上的战斗，便下令让他们负责殿后。可惜的是，鲍嗣之年轻气盛，立功心切，全然不顾刘裕的军令，执意冲在了最前面。当夜刘裕安排奇兵，加倍购置旗鼓用以疑惑起义军，第二天作战，伏兵出发，孙恩撤退，鲍嗣之连忙追赶却遭遇埋伏而被消灭。刘裕一边后退一边作战，并用计让起义军怀疑还有埋伏而离去。
刘裕后来在海盐县城故址筑起城池，起义军连日攻打海盐城，城里的