时间来到九月辛卯日，司马元显统领着前将军王珣以及右将军谢琰等将领，正式踏上了讨伐王恭之路。与此同时，司马尚之则负责抵御庾楷所部。
在这场战乱之中，司马休之的兄弟们各自拥兵自重。其中，己亥日这天，三弟司马允之与庾楷之子庾鸿在当利展开了一场激烈的战斗。经过一番殊死搏斗，最终庾鸿不敌败退而去。紧接着，司马允之又马不停蹄地赶往慈湖，在此处迎击庾楷麾下的汝南太守段方。双方短兵相接，杀声震天，然而段方终究不是司马允之的对手，在激战之后惨遭大败并命丧当场。
乙巳日，桓玄率领大军在白石一带与官军遭遇，双方随即展开了一场惊心动魄的生死较量。桓玄凭借其卓越的军事才能和勇猛无畏的士兵们，一举击溃了官军，取得了辉煌的胜利。
此后，桓玄与杨佺期继续挥师挺进，一路开到了横江这个位于安徽和县东南的长江古渡口。就在这时，原本属于庾楷一方的势力见势不妙，纷纷前来投靠桓玄。而司马休之的长兄司马尚之等人抵挡不住桓玄强大的攻势，只能狼狈败逃。不仅如此，就连司马恢之所统率的水军也未能幸免，在桓玄的猛攻下全军覆没。
丙午日，司马道子亲自率军屯驻在中堂，严阵以待。而司马元显则坚守石头城，以防敌军来袭。到了己酉日，王珣镇守北郊，谢琰则率兵驻扎在宣阳门，做好了随时应对敌人进攻的准备。整个战场形势错综复杂，各方势力都在为自己的生存和利益而拼死争斗。平定叛乱之后，道子对参与平叛的众人论功行赏，其中尤以尚之最为出众，被任命为建威将军、豫州刺史，并赐予假节的殊荣。没过多久，尚之又因功绩卓着而晋升为前将军，可谓是春风得意。与此同时，司马允之也得到了道子的赏识，获封吴国内史一职；司马恢之则被委以重任，担任骠骑司马和丹杨尹；至于司马休之，则官拜龙骧将军，兼任襄城太守，负责镇守重要之地历阳（现今位于安徽省的和县）。
时间来到隆安三年（公元 399 年），此时的局势发生了巨大变化。司马元显趁着父亲司马道子不备，暗中运作，成功地夺取了其父手中的权力，一跃成为东晋朝廷的实际决策者。由于司马休之等四兄弟与司马道子有着密切的亲属关系，他们自然而然地都受到了司马元显的