建武五年（公元 498 年），徐孝嗣荣宠更甚，被加授开府仪同三司的尊号。此后不久，徐孝嗣鉴于当时与北魏之间频繁爆发战争这一现状，深思熟虑之后毅然向朝廷呈上一份极具建设性的奏折。在这份奏折当中，他明确指出应当在与北魏交界的徐州、兖州、司州、豫州、荆州以及雍州这六个重要地区推行屯田制度。
按照他所提出的方案，各州刺史需要肩负起一项至关重要的责任——精心挑选出适宜开垦耕种的土地资源。与此同时，还需充分调动当地的士兵和将领参与到农业生产之中。不仅如此，在选择农作物品种时也要因地制宜，根据各个地区不同的气候条件和季节特点，有针对性地种植那些能够茁壮成长且产量可观的作物种类。
如此一来，通过实施这项屯田制度，不但可以显着增加粮食的供应量，有效保障军需补给；而且还有望大幅减轻从南方运输粮食前往前线所面临的沉重压力，从而进一步提升军队的作战能力和后勤保障水平。
明帝在阅览过这份奏折后，对徐孝嗣的提议表示高度认可并且予以采纳。然而令人惋惜的是，那个时候明帝已然身患重病，身体状况每况愈下。再加上边境战事始终处于胶着状态，连绵不绝，因此尽管这一提议得到了皇帝的首肯，但最终还是未能得以真正贯彻落实。
时光匆匆流逝，转眼间便来到了永泰元年（公元 498 年）。就在这一年，明帝不幸与世长辞。临终之前，他留下一道遗诏，指定徐孝嗣凭借其现有的官职担任中书监一职，并且将其列为托付后事、辅佐新君的众多重臣之一。太子萧宝卷即位之后，朝中局势风起云涌。徐孝嗣与刘暄、江祏、江祀、始安王萧遥光以及萧坦之这六位顾命大臣，肩负着辅佐新帝治理国家的重任。他们每日轮流当值理政，一时之间权倾朝野，时人皆称之为“六贵”。
然而，尽管表面上风光无限，但实际上这些顾命大臣们却面临着重重困境。尤其是对于皇帝萧宝卷提出的各种无理要求，徐孝嗣显得有些无力招架，他往往无法坚决地予以拒绝或抵制。相比之下，萧坦之的态度则较为摇摆不定，时而顺从皇帝的旨意，时而又站出来表示反对。而江祏则一直试图对皇帝加以制约，这种做法自然引起了萧宝卷的极度不满。
与此同时，江祏