的人曾善意地提醒徐孝嗣：“如今外界传言四起，都说可能会发生像伊尹、周公旦那样废旧立新之事。您承蒙武帝那般特殊的恩宠和重托，理应坚决反对这种行为啊！要知道，人们至今还在嘲笑褚渊当年的所作所为呢。”然而，面对乐预的忠告，徐孝嗣却置若罔闻……”话说那徐孝嗣深得齐武帝器重，不仅如此，他更是齐武帝遗诏中恳请辅佐太孙的大臣之一。然而，与身为刘宋姻亲重臣且尽心尽力帮助萧齐夺取江山的褚渊相比，徐孝嗣虽心有同感，却难以付诸行动。尽管如此，回到家中的他竟亲手草拟了那份用于废除皇帝的皇太后诏令。
时光流转至同年七月壬辰日（公元 494 年 9 月 5 日），徐孝嗣与王晏、陈显达、王广之以及沈文季等数位被齐武帝遗诏所托付的文武重臣一道，跟随萧鸾及其麾下众人一同踏入宫廷。就在这一天，他们成功地将萧昭业擒获并残忍杀害。而此时，心怀叵测的萧鸾正企图伪造一份皇太后诏令来名正言顺地废掉现任皇帝，正当他为此绞尽脑汁之际，徐孝嗣毫不犹豫地从衣袖之中取出了自己早已草拟完毕的皇太后诏令。这份及时出现的诏令让萧鸾喜出望外。
次日，在萧鸾的掌控之下，那份正式的皇太后诏令得以宣读，宣告废除皇帝，并改立皇帝的弟弟新安王萧昭文为新君。话说这徐孝嗣，因其积极参与了废立之事，朝廷对他予以重赏。先是将其封为枝江县侯，赐予食邑多达一千户。不仅如此，还给予了他极为特殊的待遇——赏赐鼓吹队一部以及允许甲仗五十人随其入宫。随后，徐孝嗣官运亨通，很快就转任成为散骑常侍和尚书左仆射。
就在同一年的十月，萧鸾再次出手废掉了萧昭文，自己登上皇位，成为了齐明帝。齐明帝念及徐孝嗣之功，对他再度加封晋爵。徐孝嗣被加授侍中之职、中军大将军之衔，同时进封为枝江县公，食邑更是增加到两千户。此外，还赐予给他班剑队二十人以及加派士兵百人跟随左右的优厚待遇。
时间来到建武二年（公元 495 年），由于北魏大军来势汹汹，发起猛烈进攻，明帝紧急下诏命令徐孝嗣持节出征，前往新亭驻守防御。在建武四年（公元 497 年）的时候，王晏不幸遭到明帝诛杀。没过多久，徐孝嗣更进一步，晋升为尚书令，并兼任本州的中正一职。到了