病，才搬到宫外居住。
义熙十五年（419年）一月二十八日，刘裕派王韶之杀害晋安帝。刘裕本人有意自称皇帝，但由于图谶所言“昌明（晋孝武帝）之后有二帝”，于是刘裕为符合图谶所言，便于立司马德文为皇帝，次年改年号为元熙。
禅位去世
元熙二年六月壬戌（420年7月5日），刘裕见时机成熟，命令党徒傅亮草拟好禅位诏书，入宫逼迫司马德文誊抄。司马德文欣然接受，执笔抄写诏书。两天后，司马德文退居到琅邪王府，百官向晋帝告别，东晋至此灭亡。
刘裕登位后，降司马德文为零陵王，把他迁到秣陵，正朔、车驾、衣服等都依晋朝规格，由冠军将军刘遵考带兵看管。
司马德文皇后的兄长褚秀之、褚淡之，原封为晋朝的太常卿和侍中。这时见皇帝、皇后落难，他们就背主求荣，协助刘裕监视帝后。褚皇后生下一个儿子，褚秀之兄弟遵照刘裕命令，将男婴害死。刘裕也想暗害司马德文，司马德文因而日夜惊恐，整天和褚皇后共处一室，一切饮食也都由褚皇后亲自动手，使刘裕一时无法下手。
永初二年（421年）九月，刘裕命令琅琊侍中张伟携毒酒一瓶，前去秣[o]陵鸩杀司马德文。张伟不忍谋害故主，回去又难以交代，竟在路上喝下毒酒自尽。刘裕闻讯大怒。于十一月十日派褚淡之假意去探望褚皇后，命令自己的亲兵暗暗跟在后面。褚皇后听到兄长来了，出外相见。亲兵乘机越墙进入司马德文室内，将毒酒放在他面前，逼他快饮。司马德文摇头拒绝。在那个寂静的夜晚，兵士们悄悄地潜入了宫殿之中。他们蹑手蹑脚地靠近目标，如同鬼魅一般无声无息。当来到司马德文的床前时，他们毫不留情地将其挟持起来，并迅速把他扔到床上。紧接着，一名兵士熟练地拿起一床厚厚的被子，猛地盖在了司马德文的脸上，让他无法呼吸也无法呼喊求救。
其他几名兵士则紧紧按住被子的四周，同时其中一人伸出双手，用尽全身力气死死地扼住司马德文的脖颈。随着时间一分一秒过去，司马德文的挣扎逐渐变得微弱，最终完全停止了动弹。确认司马德文已经断气之后，这些兵士才松开手，轻轻掀开被子查看情况。
见任务完成，兵士们相互对视一眼，然后毫不犹豫