下的傀儡皇帝，失去了自由和尊严。
或许是胜利来得过于容易，桓玄在进入建康没多久之后，就逐渐变得骄奢淫逸起来。他终日沉迷于酒色声乐之中，不理政事，致使民怨沸腾，社会动荡不安。曾经那个雄心勃勃的英雄人物，如今已渐渐迷失在了权力的旋涡里……后来，三吴一带发生大饥荒，饿殍[piǎo]无数，桓玄照旧开销巨大，却大幅度削减了司马德宗的供养。与此同时桓玄也加紧了篡位的步伐。元兴二年（403）十一月，桓玄命卞范之扶着司马德宗的手写下禅位诏书，又命王谧解下了司马德宗的玺绂[fu]，司马德宗被迫禅让。翌年十二月壬辰（404年1月1日），桓玄篡位，建立桓楚政权，废安帝为平固王，将他安置到浔阳。
桓玄称帝后，朝令夕改，纪纲不整，广建宫室，大兴土木，政局变得动荡不安，地方将领蠢蠢欲动。元兴三年（404）四月，桓玄篡位后仅两月，刘裕举兵京口，匡扶晋室；刘毅在广陵响应，声势浩大，桓玄急忙挟持司马德宗，从浔阳逃往江陵。桓玄在江陵试图重整旗鼓，于五月癸酉（404年6月10日）逼令安帝随军之下于峥嵘洲与刘毅等军决战。桑落洲、峥嵘洲两次兵败后，桓玄主力殆[dài]尽。大势已去，桓玄急于逃命，把司马德宗丢在江陵，带领部分亲信逃往四川，路上被刘毅将士杀死，与此同时，桓氏一族遭到了清算。五月，刘毅率兵占据江陵，司马德宗暂时脱离了苦海。然而，到了闰五月，桓玄的侄子，扬武将军桓振再次攻陷江陵，刘毅等人只好退守浔阳，司马德宗又一次落入敌手。当时，司马德宗身边只剩下司马德文，由司马德文照顾其生活起居，兄弟二人在桓振的挟持下相依为命。元兴五年（405）三月，司马德宗被迎回建康，在遭废黜一年零四个月后重登皇位。当时朝廷就由刘裕为首主政，至义熙四年（408年）接替去世的王谧领扬州刺史、录尚书事时完全掌握朝权。
驾崩去世
在刘裕那强大的掌控之下，可怜的司马德宗无奈地再度沦为任人摆布的傀儡。自此以后，刘裕一路高升，先后担任相国、宋公以及宋王等要职，同时还兼任都督中外诸军事这一关键职务，从而将东晋王朝的军政大权牢牢握在了自己手中。
时间来到义熙十四年十二月（公元