士兵不多，刘裕就挑选几百人组成敢死队冲出海盐城。起义军因被震慑而溃不成军，大帅姚盛也被斩杀。刘裕虽然接连取得胜利，但考虑到双方兵力差距大，于是佯装弃城逃跑，引诱起义军进入海盐城，趁着起义军放松戒备的时候，刘裕带领士兵发起突袭，大败起义军。
六月，孙恩带领十几万人马沿海路进军，准备突袭丹徒（今江苏镇江）。刘牢之还驻守在山阴，京城震动。刘裕听闻此事，日夜赶路，和起义军同时到达丹徒。当时刘裕和起义军兵力悬殊，加上长途赶路将士疲劳，而丹徒的守军又没有斗志。孙恩率领几万人马击鼓呐喊攻打蒜山，蒜山居民拿起扁担准备抵抗。刘裕带兵出击，大败起义军，孙恩虽然被打败，但凭借着人多的优势径直向京城进攻。因战船高大，且遭遇风暴难以前行，用了十天才到达白石。
不久之后孙恩得知刘牢之已撤回京师，朝廷已有防备，就转而向郁泌进攻。八月，朝廷加任命刘裕为建武将军、下邳太守，率领水军追击孙恩到郁洲，又大败起义军，逼得孙恩向南逃跑。十一月，刘裕在海盐又一次打败孙恩。从这以后，他三次交战都取得胜利，俘虏上万起义军，而起义军因为饥饿疾病瘟疫等死了一半以上的人，于是从浃口撤至临海 。刘裕带领水军趁胜追击孙恩，孙恩害怕被抓，于是在临海（治章安，今浙江临海东南）投海自尽。
平定桓玄
为了镇压孙恩那来势汹汹且规模浩大的起义势力，晋朝廷可谓是倾尽了全力，投入了不计其数的兵力与之展开激烈对抗。然而，如此巨大的军事消耗却带来了一个严重的后果——京城的防守力量变得异常薄弱，形同虚设。与此同时，远在荆州之地、对江南富庶地区虎视眈眈已久的桓玄敏锐地察觉到了这个绝佳的机会。
元兴元年（公元 402 年）正月，寒风凛冽，旌旗猎猎作响。骠骑将军司马元显率领着浩浩荡荡的军队向西挺进，目标直指桓玄。而另一边，桓玄也毫不示弱，亲自统率着荆楚一带久经沙场的强大军团，一路向南疾驰而去，矛头直指向元显所部。
面对桓玄咄咄逼人的攻势，元显派遣镇北将军刘牢之前去抵御。与此同时，年轻有为的刘裕则作为得力助手一同出征，跟随在刘牢之左右。刘牢之率领着麾下的众多将士马不停蹄地奔