玉帝见小石猴说有话上奏，便吩咐道：“先别动手，让它说。”小石猴上奏道：“小畜原本在山中修道，不参与尘世的烦心事。前个月，杨尚书的儿子杨思文来到我这小山，说他想娶花牡丹为妻，但花牡丹的父母不同意，所以想请我去把牡丹的父母害死，这样就能逼牡丹成婚。我一时丧失天良，私自到东岳衙门，和王判官商量，把花牡丹的父母害死了。后来花牡丹到东岳衙门告状，被王判官赶了出来，不准受理。不知怎么后来她又到县城隍衙门告状成功，行文把我抓到阴曹地府，关在牢里。牢里的禁卒对我私刑拷打，我无奈只能忍受。后来阎君提审，我趁机逃走了。这些都是实情，不敢有半句假话欺骗陛下，希望万岁能开天高地厚之恩，饶小畜一命，以后我再也不敢干预世事了。”说完，小石猴磕头如捣蒜。
玉帝还没开口，左班中走出一位真仙，俯伏在金阶上奏道：“臣启奏陛下。”玉帝一看，是费长房。费长房奏道：“小石猴虽然一时分不清是非，犯下大罪，但如今花牡丹的父母已经还阳，况且南斗星君已经许它与天同寿，陛下饶它一死，从轻定罪处罚，这也是上天有好生之德，希望陛下明察。”玉帝听了，心想：这猴子虽然如此无法无天，但也情有可原，也是受人所托，只是不懂是非罢了。于是降旨，把小石猴大拇指内的主筋挑去，罚它子子孙孙世代大拇指无力，不能拿东西，再罚它减去五百年的修行根基。小石猴还想求恩，玉帝吩咐“行刑”。旨意一下，侍卫们不由分说，把小石猴拖下殿庭，带到行刑台，把小石猴的四肢绑好，然后用金刀割断挑去它两只前爪大拇指内的主筋，再用金刀和仙丹修补好皮肤，松开绑，小石猴回到殿前谢恩。小石猴磕头道：“谢陛下不杀之恩。”玉帝道：“不是朕不杀你，是念你修炼不易，朕有好生之德，所以罚你们猴类永远大拇指无力。”小石猴磕头退下。所以直到现在，猿猴之类的动物，大拇指都是没有力气的，就是这个原因。闲话不多说。
玉帝又吩咐侍卫、銮衣卫等去外面把从逆的通臂猴押上殿来。通臂仙战战兢兢地走到殿前的没面石前跪下。玉帝没多问，也让侍卫把他推到行刑台，挑去指内的筋，还取走了肩上的活骨。侍卫领旨，照旨行刑完毕，回来复命。玉帝训诫了一番，就把通臂仙赶出殿庭。小石猴在南天门等着