宝可梦？”小光好奇地蹲下身子，想要仔细观察洁咪。
小智也蹲下身，轻轻伸出手，试图安抚洁咪：“它看起来很虚弱，好像遇到了什么危险。”就在这时，洁咪用心电感应将小智一行带到了它的“葛拉西蒂亚花田”，并告诉他们在这“葛拉西蒂亚花”中隐藏着巨大的秘密。
正当他们准备进一步了解情况时，火箭队的身影突然出现。“小鬼们，把那只宝可梦交出来！”武藏恶狠狠地喊道，小次郎和喵喵则在一旁附和着。
与此同时，神奇宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了“次元旋涡”，将火箭队、洁咪连同小智一行人一起全部带往了反转世界。当他们从次元旋涡中脱出时，眼前是一个倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，广大而不可思议的世界。
“这是哪里？”小刚惊讶地看着周围的一切，心中充满疑惑。
“这里是反转世界，是骑拉帝纳栖息的空间。”一个陌生的声音传来，众人循声望去，只见一个名叫穆玄·葛雷斯蓝多的学者正站在不远处。
还没等他们弄清楚状况，骑拉帝纳突然出现，向洁咪发动攻击。小智等人正要与骑拉帝纳对抗，却被穆玄·葛雷斯蓝多制止：“不可以让骑拉帝纳生气，它的力量太强大了！”
就在这时，杰洛的高科技母舰“百万力霸”出现在天空，他的声音从母舰中传出：“把洁咪交出来，否则你们都别想离开这里！”一场关乎世界命运的危机正式拉开帷幕，小智和他的伙伴们能否化解这场危机，阻止杰洛的阴谋？而他们在铃兰市的梦想之旅，又将受到怎样的影响？一切都还是未知数……