小羊们带着自然能量返回羊村后，羊村瞬间被一股蓬勃的生机笼罩。嫩绿的青草迅速生长，花朵肆意绽放，原本略显单调的羊村变得五彩斑斓。可短暂的喜悦过后，小羊们还没来得及好好感受这新力量带来的变化，就察觉到了羊村周边环境的异样。
天空中时不时出现诡异的乌云，羊村外的河流开始变得浑浊，水草疯狂生长，堵塞河道。更令人担忧的是，原本温顺的动物们也变得狂躁不安。喜羊羊意识到，这一切的背后似乎隐藏着更大的危机。
小羊们决定外出探寻真相。他们沿着河流向上游走去，发现河流的源头被一团黑色的迷雾笼罩。迷雾中传来阵阵低沉的咆哮声，让人不寒而栗。沸羊羊率先冲了进去，却瞬间被一股黑暗力量击退。
“这股力量很邪恶，大家小心！”喜羊羊警惕地说道。此时，美羊羊发现迷雾中有一些闪烁的光点，似乎在指引着他们前进的方向。小羊们顺着光点的方向摸索前行，终于在迷雾深处发现了一个巨大的黑暗漩涡。
漩涡中不断涌出黑色的能量，正是这些能量污染了周围的环境。就在小羊们思考如何应对时，灰太狼突然出现。原来，灰太狼也察觉到了异样，一路追踪至此。
“喜羊羊，看来这次我们又要并肩作战了！”灰太狼咧嘴一笑，眼神中充满了坚定。小羊们与灰太狼迅速制定计划，决定利用自然能量对抗黑暗漩涡。
喜羊羊带领小羊们将自然能量汇聚在一起，形成一道强大的光芒，向黑暗漩涡射去。灰太狼则在一旁用他的发明制造干扰，分散黑暗能量的注意力。在众人的努力下，黑暗漩涡的力量逐渐减弱。
然而，就在漩涡即将被消灭之际，一只巨大的黑暗怪兽从漩涡中冲了出来。怪兽张牙舞爪，向小羊们和灰太狼发起了猛烈攻击。小羊们毫不畏惧，与怪兽展开了激烈的战斗。
美羊羊利用自然能量治愈受伤的同伴，暖羊羊用强壮的身体抵挡怪兽的攻击，沸羊羊则凭借敏捷的身手不断攻击怪兽的弱点。喜羊羊和灰太狼则联手发动最强攻击，终于，在众人的齐心协力下，成功击败了黑暗怪兽。
随着黑暗怪兽的消失，黑暗漩涡也逐渐消散，周围的环境开始恢复生机。小羊们和灰太狼带着胜利的喜悦返回羊村，羊村再次恢复