以此制造出一种超级武器，从而统治整个宇宙。他们已经在多个星球秘密展开行动，许多珍贵的能量晶体和古老遗迹中的科技都已落入他们手中。如果让他们得逞，宇宙将陷入前所未有的危机。
为了阻止神秘组织的阴谋，莱娅、喜羊羊和奶龙开始了艰难的追踪之旅。他们穿越了危险的小行星带，躲过了宇宙海盗的袭击，终于在一个偏远的星系找到了神秘组织的一处秘密基地。这个基地隐藏在一颗气态行星的卫星背后，周围布置了重重防御系统，想要潜入绝非易事。
三人经过一番精心策划，利用奶龙的特殊能力干扰了基地的部分防御系统，成功潜入。基地内部阴暗而冰冷，通道错综复杂，到处都是巡逻的守卫。他们小心翼翼地前行，在基地深处发现了神秘组织正在进行的超级武器实验。实验已经进入关键阶段，巨大的能量反应让整个基地都微微颤抖。
莱娅等人的出现惊动了神秘组织的核心成员。一场惊心动魄的战斗在基地内爆发，神秘组织的成员凭借着先进的武器和熟悉的地形，与他们展开了殊死搏斗。喜羊羊在战斗中受伤，但他依然顽强抵抗。莱娅则运用星月项链的力量，与敌人的能量武器对抗。奶龙在关键时刻发挥了重要作用，它利用自己灵活的身形，破坏了敌人的部分武器装备，为莱娅和喜羊羊创造了反击的机会。
在激烈的战斗中，莱娅突然发现神秘组织超级武器的能量核心存在一个致命弱点。她不顾危险，冲向能量核心，利用星月项链的力量对其发动攻击。剧烈的能量波动让整个基地陷入混乱，神秘组织的成员也因这突如其来的变故乱了阵脚。喜羊羊趁机发动攻击，打乱了敌人的防线。在两人的配合下，他们逐渐扭转了战局。
经过一番艰苦的战斗，莱娅和喜羊羊终于突破了敌人的防御，来到了超级武器的控制中心。他们合力摧毁了武器的核心部件，超级武器瞬间失去了能量供应，停止了运转。神秘组织的阴谋彻底破产，成员们纷纷逃窜。莱娅等人并没有就此放过他们，继续展开追捕，将大部分成员绳之以法。
随着神秘组织的覆灭，宇宙暂时恢复了平静。莱娅、喜羊羊和奶龙的英勇事迹再次传遍宇宙，成为了宇宙和平的守护者。宇宙联盟为了防止类似的危机再次发生，开始加强对宇宙中各个角落