利只是第一步，如何有效治理这片新纳入视线的土地，消除倭患根源，实现长久和平稳定，才是关键所在。
朱允熥召集内阁大臣与朝中智囊，共同商议对倭国的统治策略。礼部尚书率先发言：“陛下，倭国虽已战败，但毕竟地域偏远，文化风俗与我大明大相径庭。贸然推行大明律法与制度，恐引起倭国民众抵触，臣以为应循序渐进。”
朱允熥微微颔首，示意其继续说下去。礼部尚书接着道：“可先保留倭国部分原有行政机构，选派我大明官员加以监督指导，同时在当地兴办学校，传播我大明文化礼仪，待民众对我朝有更深认同感后，再逐步推行全面改制。”
这时，户部尚书忧心忡忡地说道：“陛下，治理倭国需耗费大量人力、物力、财力。战后倭国百废待兴，重建当地基础设施、安抚百姓生活，都需要朝廷拨款支持，这对我朝财政而言是个不小的负担。”