机登上母船。
母船内部宛如一个巨大的生物巢穴，通道蜿蜒曲折，墙壁上流淌着不明黏液。大柱等人小心翼翼地前进，突然，一群硅基生命战士从四面八方涌出。这些战士身形高大，拥有锋利的爪子和强大的力量。大柱和队员们与它们展开了近身搏斗，激光剑与爪子碰撞出耀眼的火花。
在激烈的战斗中，大柱发现这些硅基生命战士虽然强大，但它们的行动模式存在一定规律。他通过观察和分析，找到了它们的弱点，带领队员们逐渐占据上风。经过一番苦战，他们终于找到了母船的核心控制室。
在控制室内，一个巨大的硅基生命主宰正坐在中央，它的身体散发着强烈的精神波动。大柱等人刚一进入，主宰便发动精神攻击，试图控制他们的思维。小莲立刻运用“破晓之力”形成精神护盾，抵御住了攻击。大柱趁机冲向主宰，与它展开了激烈的对抗。
与此同时，舰队在母船外与剩余的生物飞船继续战斗。由于母船部分系统被瘫痪，生物飞船的行动变得混乱。但它们并没有放弃抵抗，反而更加疯狂地攻击舰队。关键时刻，小莲通过与舰队的心灵链接，指挥舰队调整战术，集中火力攻击生物飞船的能量核心。经过一番激战，舰队终于摧毁了大部分生物飞船。
在母船内部，大柱与主宰的战斗进入白热化阶段。主宰不断释放出强大的精神力量，试图压制大柱。大柱凭借着顽强的意志和坚定的信念，始终没有退缩。他在战斗中逐渐适应了主宰的攻击方式，找到了反击的机会。他利用主宰精神攻击的间隙，发动致命一击，成功摧毁了主宰。
随着主宰的毁灭，母船和剩余的生物飞船纷纷失去控制，逐渐瓦解。特别行动小组成功解除了这个星系的危机。然而，他们还来不及松一口气，便发现这个星系隐藏着一个更大的秘密。
在探索星系核心的过程中，他们发现了一座古老的遗迹。这座遗迹散发着神秘的光芒，似乎蕴含着巨大的能量。科学家们对遗迹进行扫描后，发现它是一个古老文明留下的能量枢纽，与宇宙中的“秩序矩阵”有着更为紧密的联系。这个能量枢纽被某种力量封印着，而之前的硅基生命似乎就是在试图打破封印。
大柱和小莲意识到，这个能量枢纽可能是解开宇宙秩序奥秘的关