续围困漳州城，清军势必要派军队前来救援，郑军便可以逸待劳，坐等清军送上门。郑成功这一战略，也是一种无奈的选择，面对高大坚固的城墙，郑军几乎无能为力。
为了防止城内清军的出城反击，一种更为有效的围困手段被郑军北将王有才想出来，在各营地前，挖掘一条宽一丈的河沟，再设置一道防御马匹的障碍，俗称\"鹿角”，再建一道木栅，在木栅内设置一道砂石垒成的防线，每隔一定距离，设一铜百子铳，另外还筑短墙，将一个个营地变成一个个堡垒。
郑军的这种架式，着实令王邦俊与马逢知感到心惊胆战，饶是马逢知的骁勇，也不敢出城作战，只得坚闭固守，漳州城已成一个孤岛。
这种围城战术，对城内清军与城外的郑军都是一次意志力的巨大考验，对郑军来说，驻师城外，而且又值多雨季节，处境也相当困难。在这样一种情况下，来自鲁王阵营的张名振提议，从漳州九龙江拦截江水，引水灌进漳州城内，这确实是一条好计谋，然而引水灌城的工程量极为浩大，而且正是多雨时节，河水上涨，水流湍急，如果不慎，不仅不能水淹漳州城，反倒淹了郑军自己的营地，所以郑成功最后放弃了这个计划。
郑军围攻漳州城，虽然久困不下，但足令清军胆寒，在这种局势下，漳州西部的漳平守将廉彪前来向郑成功投降，廉彪是个身强力壮的人，膂力过人，箭术高超，能左右开弓，百发百中，郑成功十分高兴，礼待廉彪，并且授他为室宿营的营官，令他招募壮勇，克复九龙江上游地区。
清军在陆路上的援漳行动屡遭挫折，便想出\"围魏救赵\"的方法，准备从水路直接袭击郑成功的大本营厦门岛，迫使郑成功回防。
虽然清军在海军的实力上远不及郑军，但在上一年浙江清军水师发动打击鲁监国的舟山战役中，已经可以看出清军在海上的作战能力上，已经有了比较明显的提高。清军出动水师，实属无奈之举，只抱着侥幸取胜的念头，希望以此来缓解漳州城的困局。
清军出动了数百艘战船，浩浩荡荡南下。郑成功得知消息后，马上命令留守厦门岛的水师一镇将领陈辉为海军总督。陈辉在郑成功焚衣起兵之时，便追随其左右，深得郑成功的信任，他也是郑芝龙的老部下，有着丰富的海