郑成功的回复后，不以为然地说：“痴儿不识天命，固执乃尔；吾不给饷，彼岂枵腹战哉？”下令断绝给郑成功的军队发放粮饷，以此方法来威胁郑成功退兵。在无粮无饷的情况下，这战还怎么打呢？没几天的功夫，郑成功手下的士兵逃的逃，散的散，郑成功百般无奈，只好返回福州，与诸留守大臣商讨时局。
八月十三日，清军在征南大将军博洛的统领下，开始由浙江向福建挺进，十八日，清军穿过闽北军事要隘仙霞关，由于郑芝龙的撤防，此时的仙霞关已经没有军队驻守，清军在没有任何战斗的情况下，迅速向南推进，目标是擒拿停留在延平的隆武帝。
大约在八月十五日，郑成功决心率领一支水师，沿着闽江溯江而上，解救隆武帝。但是此时清军已经大举南进，水师遭遇到清军骑兵，郑成功马上率军投入战斗，但是郑成功的军队数量并不多，在战斗中遭到挫折，只好顺江撤退，这次救援行动失利。隆武帝被郑芝龙抛弃之后，他手下的军队随从并不很多，而清军已进入福建，延平不可久留，隆武帝决定经过汀州前往江西的赣州，此时赣州的战役还在进行之中。可是隆武帝一行人的行进速度实在太慢了，清军以轻装骑兵猛追，八月二十七日，隆武帝抵达汀州，此时他随行的士卒只有五百人。第二天，即二十八日，清军骑兵追至汀州，隆武帝那一丁点儿卫队很快就全军覆灭了，隆武帝与皇后同时被俘，随即被清军杀死。
隆武帝之死，意味着南明隆武小政权在建立一年后，终于覆亡了。