物对非靶标生物的影响也不容忽视。一些研究表明，转基因作物所表达的外源蛋白可能会对有益昆虫、鸟类和土壤微生物等非靶标生物产生负面影响。以抗虫转基因玉米为例，其产生的杀虫蛋白不仅会杀死目标害虫玉米螟，还可能对以玉米花粉为食的帝王蝶幼虫造成危害。帝王蝶是生态系统中重要的传粉者，其数量的减少可能会影响到整个生态系统的平衡。此外，转基因作物长期种植还可能改变土壤微生物群落结构，影响土壤肥力和生态功能。
从表面上看，基因改造种子似乎是解决粮食安全问题的良方，但深入分析后会发现，其背后隐藏着对粮食安全的深层威胁。
一方面，种子基因改造技术的掌握高度集中在少数跨国农业科技公司手中。这些公司凭借其强大的研发实力和资金优势，垄断了大量的种子基因专利。农民为了获得高产、抗逆的种子，不得不依赖这些公司购买转基因种子。然而，这些转基因种子往往价格昂贵，且附带诸多使用限制，如禁止农民留种，必须每年购买新种子等。这使得农民的生产成本大幅增加，经济负担加重，一旦遇到市场波动或自然灾害，农民可能面临巨大的经济损失，甚至破产。长此以往，将导致全球粮食生产的控制权逐渐集中在少数公司手中，这对全球粮食安全的稳定性构成了严重威胁。
另一方面，过度依赖基因改造种子可能会导致农作物遗传多样性的丧失。在传统农业中，农民长期种植各种地方品种和农家品种，这些品种经过长期的自然选择和人工选育，具有丰富的遗传多样性，能够适应不同的生态环境和应对各种病虫害。然而，随着基因改造种子的推广，越来越多的农民选择种植单一的转基因品种，导致大量传统品种被淘汰。遗传多样性的丧失使得农作物在面对新的病虫害或气候变化时变得更加脆弱，一旦某种病虫害突破了转基因作物的抗性防线，可能会引发大面积的农作物减产甚至绝收，从而对全球粮食供应造成巨大冲击。
种子基因改造还引发了一系列伦理道德问题。一些人认为，对种子进行基因改造是人类对自然的过度干预，违背了自然规律和生物进化的进程。这种人为创造的新物种可能会对生态系统和人类健康产生不可预测的影响，而我们目前对这些潜在风险的认识还非常有限。