主角冷静下来，凭借着刚刚获取的新知识，迅速找到了控制自毁程序的核心枢纽。但要解除程序必须同时输入一组复杂而特殊的密码，这组密码分散在建筑各个角落的神秘设备当中。
伙伴们立刻分工合作，争分夺秒地寻找密码碎片。在最后一刻，主角成功将所有密码碎片组合起来，解除了自毁程序。
经历这场惊险后，主角深知保护宇宙的道路布满荆棘。他们带着从建筑中得到的一切，重新登上飞船，朝着浩瀚宇宙更深处进发，随时准备应对下一个威胁宇宙和平与安宁的挑战。他们在宇宙中继续前行，不久便发现一颗蓝色的星球，星球周围散发着祥和的气息。主角决定前去探查一番。降落到星球表面后，他们发现这里的生物类似地球上的精灵族，身形纤细，耳朵尖尖，而且都拥有操控自然之力的能力。
这些精灵族热情欢迎主角一行人的到来，并告知他们这个星球即将面临一场可怕的黑暗风暴侵袭。主角等人决定留下来帮忙。他们利用从水晶建筑中学到的知识，结合精灵族的自然之力，开始构建防御工事。
可是随着黑暗风暴临近，众人发现这股风暴背后有一双无形的大手在操纵，竟然又是远古宇宙种族后裔的阴谋。他们想要利用黑暗风暴毁灭这个美丽的星球以报复主角他们。
主角等人没有丝毫退缩，他们鼓舞精灵族一起奋战。主角凭借新获得的力量，冲入风暴中心，经过一番苦战，终于找到幕后黑手并将其击败。
黑暗风暴消散，星球恢复平静。主角和伙伴们告别精灵族，再次飞向宇宙深处，继续他们守护宇宙的征程。他们的飞船穿梭于星辰之间，突然遭遇了强烈的空间扭曲现象。飞船被卷入其中，一阵天旋地转之后，出现在一个完全陌生的星系。这里的恒星闪耀着奇异的紫光，行星的轨道杂乱无章。
正疑惑时，他们发现周围有许多巨大的机械生物正在拆解星球，汲取资源。这些机械生物并非之前遇到的种族。它们察觉到主角一行人的到来，纷纷停止工作，向主角他们围拢过来。
主角率先发起沟通，表示并无恶意。然而这些机械生物却认为主角等人是抢夺资源的敌人，不由分说就发动攻击。主角无奈之下只能应战，他发现这些机械生物的攻击方式很独特，是利用