唐云深知，在水师建成前，必须采取灵活策略应对海盗。他一面督促水师加紧训练与战船建造，一面指挥沿海防御力量开展游击战。他让联防队伍分成多个小队，熟悉沿海地形，利用海湾、岛屿等复杂地貌，对海盗进行伏击骚扰。
每当海盗船只靠近海岸，了望塔便发出警报，联防小队迅速行动。他们有的驾驶轻便小船，携带易燃物，趁着夜色悄悄靠近海盗船，点燃船只；有的则在岸边设下陷阱，等海盗上岸后，予以突然袭击。这些战术让海盗防不胜防，虽然无法彻底消灭海盗，但有效遏制了其嚣张气焰，减少了沿海百姓的损失。
与此同时，唐云也没忘记关注神秘势力与前朝残余势力的动向。他通过密布的情报网络，得知双方虽矛盾重重，但都在观望新朝与海盗的战事，企图坐收渔利。唐云决定利用他们的这种心理，实施反间计。
他故意让一些假情报泄露，让神秘势力以为前朝残余势力正与海盗勾结，准备在新朝腹背受敌时，趁机进攻神秘势力，瓜分其地盘；又让前朝残余势力收到消息，认为神秘势力打算与海盗联合，先消灭新朝，再回头对付他们。这一系列操作让双方的猜忌达到顶点，虽未彻底决裂，但也无暇对新朝动手。
随着时间推移，新朝水师组建完成。这支水师拥有数十艘大型战船，配备先进火炮，士兵们训练有素，士气高昂。唐云任命水师将领，制定详细的作战计划，准备对海盗展开全面反击。
水师出征当日，旌旗猎猎，战鼓震天。战船如蛟龙出海，浩浩荡荡驶向海盗盘踞的海域。当发现海盗船只时，水师将领一声令下，火炮齐鸣，炮弹如雨点般落在海盗船上，一时间硝烟弥漫，海盗船纷纷起火。新朝水师凭借先进的武器和精湛的战术，迅速占据上风。
经过一场激烈海战，海盗船队被打得七零八落，大部分船只被击沉或俘获。残余海盗狼狈逃窜，退回老巢。新朝水师乘胜追击，直捣海盗老巢。海盗凭借地理优势负隅顽抗，但在水师的猛烈攻击下，最终土崩瓦解。这场胜利极大地振奋了新朝军民的士气，沿海地区恢复了安宁。
解决海盗问题后，唐云腾出手来处理国内事务。他继续推行恢复经济的政策，鼓励商业发展，减轻商人赋税，开通新的商路，促进贸易往来。在