臣的拥戴下，即皇帝位，是为晋元帝，东晋正式建立。晋元帝即位后，对王导感激涕零，信任有加。他曾感慨地对王导说：“卿，吾之萧何也。”并任命王导为丞相，执掌朝政大权。
在王导的辅佐下，东晋政权开始逐步建立起自己的政治、经济和军事制度。政治上，王导主张“镇之以静，群情自安”，采取宽松的统治政策。他选拔人才不拘一格，注重德才兼备。在一次选拔官员的考试中，有一位出身贫寒但才华横溢的年轻人脱颖而出，王导力排众议，给予他官职，让他有机会施展才华。经济上，东晋的手工业和商业得到了显着发展。丝织业方面，江南地区的丝织品以其精美的工艺和上乘的质量闻名遐迩，不仅满足了国内的需求，还远销海外。造船业也十分发达，东晋的船只不仅用于内河运输，还能远航至东南亚等地。建康的市场更是繁荣昌盛，贸易种类繁多，货币流通顺畅，来自各地的商人汇聚于此，买卖商品，交流信息。军事上，王导积极支持祖逖等将领北伐，他为祖逖筹备粮草、招募士兵，尽管北伐最终未能取得成功，但在一定程度上抵御了北方少数民族的南下，保障了江南地区的安全。
然而，东晋政权内部的权力斗争悄然拉开了帷幕。随着王导、王敦兄弟权势的日益增大，“王与马，共天下”的局面逐渐形成，这引起了晋元帝的猜忌和不满。晋元帝时常在宫中与亲信刘隗、刁协等人商议，如何削弱王氏家族的势力。他认为，王氏家族权力过大，已经威胁到了皇权的统治。
王敦对此极为不满，他自恃为东晋政权的建立立下了汗马功劳，却受到晋元帝的猜忌和打压。心中的怒火越烧越旺，终于在永昌元年（公元322年），以“清君侧”为名，在武昌起兵，率军东下，进攻建康。
王敦起兵的消息传来，晋元帝大惊失色，急忙调兵遣将进行抵抗。但东晋军队在王敦的进攻下节节败退。王敦的军队势如破竹，一路攻城略地。晋元帝看着前线传来的战败消息，心急如焚，却又无可奈何。
在这场政治危机中，王导的处境艰难万分。他与王敦是血脉相连的兄弟，有着深厚的亲情和紧密的利益关联；但他作为东晋的丞相，又肩负着维护东晋政权稳定和皇帝权威的重任。王导陷入了痛苦的挣扎之中，他无数次在深夜中辗转反侧，思