过程中，时常发生争吵和纠纷。
侨州郡县与当地原有的州郡县相互交错，也造成了严重的行政混乱。官员的管理权限模糊不清，常常出现一件事情多个部门互相推诿的情况。比如，有侨人要办理户籍相关事宜，侨州郡县和当地州郡县都认为不属于自己的管辖范围，导致侨人来回奔波，却始终无法解决问题。政令也难以畅通，上级下达的命令，因为行政区域的混乱，常常无法准确及时地传达下去，严重影响了地方的治理。
随着东晋政权在江南的逐渐稳定，南北士族之间的矛盾日益凸显。北方士族南迁后，凭借着在政治上的优势和强大的经济实力，占据了大量的土地和资源。他们修建豪华的庄园，圈占大片农田，这无疑侵犯了当地江南士族的利益。而且，北方士族自视甚高，他们以中原正统文化的传承者自居，对江南士族存在着深深的歧视。在他们眼中，江南士族不过是偏居一隅的“蛮夷”。
在文化方面，两晋时期玄学盛行，佛教、道教也有了较大发展。王导深知文化交流融合的重要性，他在与士族交往时，常常参与玄学清谈。有一次，在一场盛大的清谈聚会上，王导与江南士族的代表人物围绕“有无之辩”展开激烈讨论。王导凭借其深厚的文化底蕴和敏锐的思维，提出了独特的见解，赢得了众人的赞赏。这场清谈不仅促进了南北士族在思想上的交流，也让江南士族对北方士族的文化有了新的认识，一定程度上缓解了双方的矛盾。
为化解南北士族的矛盾，王导采取了一系列措施。他一方面在政治上给予江南士族一定的地位和权力，让他们参与东晋政权的管理。顾荣被任命为军司马，贺循担任吴国内史，他们在朝廷中积极建言献策，为江南士族争取权益。另一方面，王导以身作则，积极促进南北士族之间的文化交流和融合。他自己率先学习吴地的方言和文化习俗，闲暇之时，与江南士族的文人雅士们一起品茶论道，交流诗词歌赋。在他的府邸中，常常能听到吴侬软语和北方官话交织在一起的讨论声。在他的影响下，北方士族与江南士族之间的关系逐渐缓和，“侨姓”与“吴姓”之间开始相互通婚、交往，共同为维护东晋政权的稳定而努力。
太兴元年（公元318年），晋愍帝在长安被匈奴汉国所杀，司马睿在王导、王敦等群