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经过一番周旋，主角发现这些生物其实是宇宙诞生之初另一种形式的守护者，由于受到某种干扰才被困在此处。主角等人运用所学知识修复了干扰源，释放了这些守护者。
守护者们感激之余，赠予地球一件神器，可以创造出稳定的平行宇宙。主角将这件神器妥善保管在学院，他知道这不仅是一份奖励，更是一份责任，未来宇宙的进化之路必然会用到它，而他和他的学院以及地球文明将继续在这宏大的宇宙进程中扮演至关重要的角色。
不久后，学院内一名年轻研究员在分析神器时，误触机关导致神器释放出强大能量波动。这股波动竟撕开了一道巨大的空间裂缝，裂缝中涌出大量黑暗物质，瞬间笼罩了学院周边区域。主角迅速组织人员抵抗，可这黑暗物质具有腐蚀心灵的特性，不少学员开始产生幻觉，互相攻击起来。
主角冷静思考后，想到之前在宇宙深处意识体提及的多元平衡法则。他果断带领几名核心成员进入神器内部空间，试图调整其能量频率来对抗黑暗物质。在神器内部，他们历经重重险阻，终于找到控制核心。主角凭借丰富经验，重新设置了参数。神器爆发出耀眼光芒，黑暗物质逐渐被吸进一个新建的平行宇宙之中。
经此一役，主角意识到神器虽强大但蕴含极大风险。他决定带领学院精英进一步研究如何安全使用神器，同时也明白在探索宇宙奥秘的道路上，即使做好准备，未知的危险依然随时可能降临，而他们必须时刻保持警惕。