联合小队带着古老文明的珍贵知识踏上归途，飞船上洋溢着兴奋与期待的氛围。科研人员迫不及待地开始深入研究这些知识，他们希望能从中找到提升宇宙联盟科技水平的关键，以及应对未来危机的方法。神秘守护者们则努力消化着与古老意识交流所获得的精神感悟，试图将其转化为更强大的精神力量，以更好地守护宇宙。
然而，随着对古老知识的研究逐渐深入，一些令人担忧的迹象开始浮现。科研人员发现，古老文明的知识虽然蕴含着巨大的智慧，但其中一些技术和理念如果被滥用，可能会带来灾难性的后果。例如，有一种能够操控宇宙基本粒子的技术，一旦落入心怀不轨者手中，就可以制造出足以毁灭星系的超级武器。
与此同时，在宇宙的一些偏远星系，陆续出现了一些奇怪的现象。一些星球上的生物开始出现异常变异，它们的身体结构和行为模式都发生了巨大的变化，变得极具攻击性。而且，这些变异似乎都伴随着一种微弱的能量波动，这种波动与联合小队在“寂静之渊”神秘据点所探测到的能量波动极为相似。
联合小队意识到，这可能是神秘势力残余力量在暗中搞鬼。也许他们察觉到了联合小队获得了古老文明的知识，企图通过制造混乱来干扰联合小队的研究，或者获取这些知识为己所用。
为了弄清楚情况，联合小队决定兵分两路。一部分成员，包括科研人员和神秘守护者，继续留在飞船上深入研究古老文明的知识，重点寻找应对这些潜在危机的方法；另一部分则由特战队员和元素使者组成，前往出现异常现象的星系进行调查。
特战队员和元素使者所乘坐的小型飞船迅速抵达了第一个出现生物变异的星系。当他们靠近其中一颗星球时，便感受到了一股浓郁的邪恶气息。飞船降落后，他们发现整个星球的生态系统已经遭到了严重破坏。原本郁郁葱葱的森林变成了一片死寂的黑色荒原，河流干涸，大地龟裂。
变异的生物四处横行，它们体型庞大，外形狰狞，身上长满了尖锐的骨刺。这些生物对闯入者表现出强烈的敌意，立刻向特战队员和元素使者发动攻击。元素使者们迅速施展元素法术，火焰在荒原上肆虐，试图烧死这些变异生物；冰霜凝结成巨大的冰墙，阻挡着它们的冲锋；狂风将一