制定应对策略只是解决危机的第一步，真正的挑战在于将这些策略付诸实施。
在对神秘物质的应对策略实施过程中，探险队面临着诸多困难。前往古老文明遗迹的路途充满了危险，不仅要穿越危险的星云带，还要应对宇宙海盗的袭击。星云带中的尘埃和能量风暴不断冲击着探险队的飞船，对飞船的护盾和导航系统造成了巨大的压力。而宇宙海盗则觊觎探险队所携带的先进设备和珍贵物资，他们在暗处伺机而动。
探险队不得不加强飞船的防御能力，同时提高船员的战斗素养。林晓家族派出了家族中的优秀战士加入探险队，为他们提供战斗技能培训和实战经验指导。尽管如此，探险队在途中还是遭受了几次海盗的袭击，虽然每次都成功击退了敌人，但也损失了部分设备和物资。
建立监测站也并非一帆风顺。选址就是一个大问题，需要考虑到多个因素，如与神秘物质的距离、周围宇宙环境的稳定性以及资源补给的便利性等。在确定了一个看似合适的地点后，建设过程又遇到了资源运输困难的问题。由于监测站所需的设备和材料都非常庞大和沉重，运输飞船需要多次往返才能将所有物资运达。而且，运输过程中还经常受到宇宙环境的干扰，导致运输时间延长。
研发能量抑制装置同样困难重重。科学家们在理论设计转化为实际模型的过程中遇到了技术瓶颈。他们发现，要产生与神秘物质能量波动完全匹配的反向能量波，需要一种能够精确控制能量频率和强度的技术，但目前的科技水平还无法满足这一要求。科学家们不得不重新审视理论模型，寻找可能的替代方案。
在应对莫名疾病方面，防护层的研发面临着材料合成的难题。新型复合材料的合成需要多种稀有元素，而这些元素在宇宙中的分布非常分散。收集足够的原材料成为了一项艰巨的任务，星际联盟不得不发动各个星球的力量，组织大规模的资源采集行动。
基因修复疗法的研发则陷入了伦理争议的泥潭。一些人认为，人为地改变生物基因序列可能会引发不可预见的后果，比如创造出一种新的、无法控制的生物物种。这种争议导致基因修复疗法的研究受到了各方的限制，进展十分缓慢。
检疫制度在实施过程中也遇到了不少阻力。一些