重新获得封地——周灭商以后，仍然为商朝后裔保留了宋国作为封国，不薄待前朝，也是均衡天下力量的一种方法。给前朝贵胄以礼遇，能最大限度降低敌意，避免地方对新王朝的抵触。分封天下的方案暗中得到了军方势力和一些大臣的支持，由博士淳于越上书陛下，希望按照周制，重新分封天下，让动荡的天下早日恢复和平。
但是嬴政说——如果保留六国的封国，那我这些年的仗不是白打了？
通过宫中内侍听到嬴政这句话，知道嬴政心意的丞相李斯，静思数日，终于上书《天下郡国疏》，力陈周分封天下，导致八百年诸国纷争，天下动荡由此引起，欲天下安宁，王朝万世一系，最好的办法乃是政由天子，官吏亦出自天子，也就是仿照秦国多年行使有效的郡县制，放大到整个天下，将天下划分为三十六郡，郡守均由天子委任，可以轮调升迁贬谪，但不可世袭。
此论一出，朝议纷纷。有赞成的，有反对的。赞成者多是秦国青年官吏，因为自己资历浅薄，但是年富力强，如果采取郡县制，则自己有机会出任郡守县令，掌管一方。但是老臣勋臣对郡县制不以为意，拿出来的理由是过去秦国偏居一隅，郡县管理有效。但天下之大，从东海到西岭，从北漠到南海，设立郡县，快马送报，朝廷政令也需要月余才能抵达边僻之地，地方有事，又需月余朝廷才能知晓，一往一来，信息交通甚至要一个季度，当地情况可能早已发生变化，郡县制不适合对远方国度的管理和治理。
在这种争论中，丞相李斯再次上书，说六国灭亡，天下初定，各国仍使用旧有六国史书教育当地，不能归心。丞相李斯要求天下焚烧《秦记》以外的列国史籍，限期收缴民间私藏的《诗》、《书》等书籍并烧毁，禁止私学，想学法令的人要以官吏为师。身处争论中心的嬴政允诺了李斯所请，于是在咸阳举行了一次焚书，将在咸阳市井搜罗的诗、书和六国史书，堆聚在广场上，一把火烧掉。据说熊熊烈焰高入云霄，所有人为此震撼，以诗书为生的儒生嚎啕哭嚎，连身在阿房宫的陛下都能听到。
焚书之后，关于郡县制和分封制的讨论一时沉寂，郡国论占了上风，朝廷开始规划郡县区划，筹备外派郡县的官员。秦国的世家、勋臣、高官们将注意力放在如何通过郡县制度划分