滤过膜。滤过膜就像一个筛子，允许小分子的代谢产物和其他物质通过，而阻止血液中的血细胞和大分子蛋白质等。进入肾小管的代谢产物会经历复杂的重吸收和分泌过程。肾小管的上皮细胞具有多种转运蛋白，这些转运蛋白可以识别并转运特定的物质。例如，一些转运蛋白负责将葡萄糖等有用物质重吸收回血液，而对于咖啡因的代谢产物，根据其化学性质和身体当时的状态，部分会被重吸收，部分会在肾小管液的流动下，最终随尿液排出体外。
从个体差异方面讲，除了cyp1a2基因多态性影响酶活性外，其他基因也可能间接影响咖啡因代谢。例如，某些基因可能影响肝脏的血液灌注、细胞内能量代谢等环节，进而影响咖啡因在肝脏中的代谢速度。而且，人体的整体生理状态如是否患有其他疾病（如肾脏疾病影响排泄、内分泌疾病影响代谢调节）、是否服用其他药物（某些药物可能会与咖啡因竞争代谢酶或者影响肾脏的排泄功能）等因素，都会对咖啡因在体内的整个代谢过程产生复杂的综合影响。