但大凌河之战，对大明产生了多方面的深远影响：
军事方面，大明精锐力量损失惨重：明朝关外最有战斗力的军队在此战中遭受重创，如“关宁铁骑”等精锐基本被消灭，导致明朝在山海关之外的军事力量大幅削弱，剩余城池的防守也变得艰难。
防线被严重削弱：大凌河城位于辽西走廊咽喉地带，其失陷使明朝在辽西的防线出现重大缺口，锦州等重要城池失去了有力的前沿屏障，后金得以进一步向明朝内地推进。
政治方面将领投降动摇军心：祖大寿等将领的投降，对明朝军队的士气和人心造成了极大冲击，使得明朝将士的忠诚度和战斗意志受到严重影响，也让其他将领和士兵对明朝的前途产生了疑虑。
朝廷权威受到挑战：崇祯帝对祖大寿的处置方式，反映出明朝朝廷在面对地方军阀时的无奈和无力，朝廷无法按照正常律法约束将领行为，权威受到极大挑战，进一步加剧了明朝政治的混乱和动荡。
经济方面，大明财政负担加剧：明朝为了此次战役投入了大量的人力、物力和财力，包括军队的补给、装备的购置以及城池的修筑等，战争的失败意味着这些投入付诸东流，加重了明朝早已不堪重负的财政负担。
大凌河之战的失败使明朝在辽东的战略布局受到严重挫折，进一步影响了明朝与后金在经济上的对抗态势，加剧了明朝国内的经济困境，大明为了维持战争开支继续加征赋税，导致民怨沸腾，加速了明朝社会的动荡不安。