卓玄道夜观天相，推断明末天倾的事情即将重演，准备提前下注，便下山参加祈福大会，并且就任了护法总会的会长一职。
这件事情当时极为轰动，连带着影响到大量门派加入护法总会，对日军稳定金城地区的占领意义重大，卓玄道为此还得了个大东亚共荣的奖章。
黄元君知道这件事情后，赶回金城单人只剑夜闯维持总会，当众将卓玄道开革出高天观，并且把他打成重伤。
当时黄元君是准备诛杀卓玄道的，可卓玄道倒底也是高天观的嫡传弟子，本领高强，当时又有护法总会的其他高手帮忙，便饶幸逃了一命。
但卓玄道也因此被吓破了胆，不敢再留在金城，连夜逃往川中。黄元君一路追杀，卓玄道被逼得上天无路，入地无门，便投了三理教杨如仙。
真要论本事，杨如仙也不是黄元君的对手。不过三理教在川中势力庞大，盘根错节，把卓玄道藏起来没有问题。
得了三理教的掩护，卓玄道才算躲过黄元君的追杀。后来听说黄元君杀卓玄道不成，又去杀计过真。计过真逃到魔都避难，躲进了宪兵总部，但终究还是死在了黄元君手下。
因此卓玄道对杨如仙感恩戴德，传了杨如仙许多外道法门，可杨如仙不满意还想要高天观的正传秘法，尤其是据说修成可以立地成仙的宝胎丹元术。
卓玄道被逼得急了，便找借口想脱离三理教。杨如仙识破了卓玄道的打算，也怕把他逼急了生出事端，便同意卓玄道离开，只是要求卓玄道去灭了纯阳宫。
杨如仙的三理教能够在川中迅速发展，其实是得到了纯阳宫的暗中支持，但发展壮大之后，便一直对纯阳宫不停索要财物供奉感到不满，想要摆脱纯阳宫自立，只是忌讳纯阳宫道人的本事，不敢轻举妄动。
正好卓玄道脱离三理教后，也想找个地方寄身传法，便与杨如仙一拍即合，乘夜攻上纯阳宫，杀光了宫里道士，鸠占鹊巢，打着纯阳道士的旗号收徒传法。
卓玄道占了纯阳宫后，却始终对黄元君恨之入骨，又总想着夺回高天观，只可惜他被黄元君伤了根本，一直不能完全恢复，没过几年就伤势发死了。
他死前留言，谁能夺回高天观，就可以得传宝胎丹元术正法。只是