随着瓢太馆主的三只神奇宝贝全部康复，小智也可以开始他心心念念的道馆挑战赛了。对战依旧是小拳石、大岩蛇和头盖龙，小智分别派出了皮卡丘、草苗龟和长尾怪手。
对抗小拳石和大岩蛇的时候，小智凭借草苗龟的属性优势，以一换二，将他们全部击倒。最后面对头盖龙的时候，皮卡丘的铁尾优势不大，好在长尾怪手接受了天宇的严格训练，等级提升的很快，轻松打倒了头盖龙。
随着小智也获取了石炭徽章，天宇等人的道馆之行也算结束了。
大伙回到神奇宝贝中心休息一晚，本来打算第二天一早就离开的。结果早上刚离开神奇宝贝中心，就听到城市四周传来爆炸声。众人循声望去，发现是一只化石翼龙在破坏周围的城市。
精灵：化石翼龙
属性：岩石、飞行
招式：破坏死光、岩崩。。。
等级：60
特性：坚硬脑袋
资质：准冠军
见到化石翼龙的一瞬间，天宇等人都惊呆了，这时候也遇到刚刚赶来这里的瓢太馆主。一番交流后，这才得知，原来是昨天火箭队冒充研究人员来到了钢铁市的博物馆，偷走了里面的化石和化石复活机。
得知事情的经过后，天宇等人决定帮助瓢太，将被火箭队偷走的化石和化石复活机一块夺回来。瓢太馆主听后也是向众人表示感谢，此时化石翼龙也注意到了这边，对着天宇等人使出了破坏死光。
“胆子不小，化石翼龙，用破坏死光。”
面对化石翼龙的突然袭击，天宇也选择用化石翼龙迎击。面前的这只化石翼龙只有60级道馆巅峰，而天宇的化石翼龙有90级准冠军巅峰，差距非常明显。更何况对方还是刚刚从化石中苏醒过来，天宇的化石翼龙可是真真正正从远古时代苏醒，差距自然更大了。
这只化石翼龙被天宇的化石翼龙一招秒了，不过貌似并没有倒下，而是朝着其他方向逃离了。
最后大伙决定兵分两路，天宇和瓢太馆主去寻找火箭队，夺回火箭队偷走的东西。而小智他们去另一边寻找化石翼龙，并且瓢太馆主还私自做主，只要他们能打倒化石翼龙，可以让他们将其收服带走，之后还可以从他们已有的化石