在天宇等人会合之后，与此同时，另一边的小光也来到了山梨博士研究所。虽然她在路上迷路了，但很幸运的在半路上碰到了山梨博士，于是小光便直接和山梨博士一起来到研究所。
不过当她和山梨博士进入研究所的时候，里面已经是一片狼藉。此时山梨博士的助手们见山梨博士回来了，顿时被吓的直冒冷汗。
一番询问后才得知，原来是之前小火猴偷吃了波加曼的神奇宝贝食物，气的波加曼对其使出泡沫光线。却不料小火猴翻身躲开后，估计不小心打到了姆克儿和姆克鹰身上。
之后姆克儿和姆克鹰也跟着他们乱来，害的研究所变得一团乱，小火猴和波加曼也趁机跑掉了，现在剩下的新人神奇宝贝只剩草苗龟了。
了解事情的经过后，山梨博士瞪了一眼身旁的助手们，显然山梨博士对他们的表现很不满意，吓得助手们连连道歉。
最终山梨博士也没有真的处罚他们，本来打算让小光在研究所等一会，等他们找到神奇宝贝后再让她挑选新人神奇宝贝。不过这时候小光主动请缨，她想要去帮忙寻找这些神奇宝贝。
“那是可能会成为我伙伴的神奇宝贝，所以我想要去试试。”
山梨博士见小光如此坚定，自然也没有阻止，反而还很欣慰。作为训练家，能够将自己的神奇宝贝放在第一位，这是很难得的品质。
于是在山梨博士的许可下，小光先一步来到后院寻找小火猴和波加曼。
与此同时，天宇等人也即将到达山梨博士的研究所。因为和希罗娜有约的缘故，加上天宇以前也来过神奥地区，所以众人的进度比原着快上不少。
此时小光已经在山梨博士研究所的后院找到了波加曼，在这期间也和波加曼结下了深厚的友谊，同时也在这里的心齐湖见到了三圣菇之一的艾姆利多。
只不过此时的小光还不认识艾姆利多，只以为是什么稀有的神奇宝贝，所以并没有放在心上。
等小光将波加曼找到后，很快姆克鹰也找到了小火猴，小光将他们一并带到山梨博士研究所。
找齐三只神奇宝贝，山梨博士送给了小光一个神奇宝贝图鉴，之后总算可以开始挑选她的初始神奇宝贝了。
“打扰了，山