时间后，使模板dna双链或经pcr扩增形成的双链dna解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备。
dna经加热变性成单链后，温度降至55c左右，引物与模板dna单链互补序列配对结合。
在taqdna聚合酶的作用下，以dntp为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板dna链互补的半保留复制链。
重复循环变性-退火-延伸三过程，就可获得更多的“半保留复制链”，而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一轮循环需2~4分钟，如此反复进行，每一轮循环所产生的dna均能成为下一轮循环的模板，每一轮循环都使两条人工合成的引物间的dna特异区拷贝数扩增1倍，pcr产物以2的指数形式迅速扩增，经过25~30轮循环后(2~3小时)，理论上可使基因扩增109倍以上，实际上一般可达106~107倍。
pcr扩增仪通常由热盖部件、热循环部件、传动部件、控制部件和电源部件等部分组成。
在实验室完成试验，再由医疗设备厂，计算机研究单位、生产厂以及机械相关的研究部门共同进行研究以后可以生产出一次性的扩增仪。
一次pcr扩增只能运行一个特定退火温度的pcr仪称作传统pcr仪，也叫普通pcr仪。
如果要做不同的退火温度需要多次运行。主要是用于简单的、对目的基因退火温度的扩增。该仪器主要应用于科学研究、教学、医学临床、检验检疫等机构。
使用这种仪器可以检测受体细胞染色体dna上是否含有目的基因。
dna探针是最常用的核酸探针，为长度在几十到几百甚至上千碱基对的单链或双链dna，用特殊示踪剂（如同位素、酶或有色基团）进行标记；在适当的ph值、温度和离子强度下，dna探针利用分子的变性、复性以及碱基互补配对的高度精确性，能与待测样本中互补的非标记单链dna或rna以氢键结合（杂交），形成双链复合物（杂交体）。
杂交体的稳定性取决于两条单链核苷酸之间的互补程度。在严格的条件下（高ph值、高温、低离子强度），不完全匹配的杂交体的两