鄂尔泰上任没多久，就听说贵州的苗民老是被当地土司欺负，逼得苗民们联合起来造反。朝廷派了兵去镇压，可刚镇压下去，没过多长时间，这些苗民又造反啦，来来回回的，可把清政府折腾得够呛，还浪费了好多人力物力。这个问题在顺治和康熙朝都没解决。于是呢，鄂尔泰就给雍正皇帝上书，说了自己的想法，他的策略是“能抓就不杀，能让他们自己投降就不逼着他们”。雍正知道后，很快就批准了鄂尔泰的方案，这个想法就是历史上大名鼎鼎的改土归流制度。啥是改土归流呢？就是把当地的土司制度取消，改成流官制。流官制就是直接让朝廷派官员去那里当官啦！
吐司制度啊，即“以夷制夷”的策略，亦称羁縻政策。传统的中原王朝将自己视为华夏中心，四周的民族为四夷。认为这些边疆民族居住的地方贫瘠，“得其地无益，得其民无用”，因此采用了“以夷制夷”的政策，封赐边疆民族首领虚名官职，令其向中央朝贡。
从元朝就开始实行啦，像云贵川，特别是川西地区，在历史上那可一直都不归中原王朝管哦！云贵地区大家都晓得。川西地区好多地方呢，属于吐蕃。所以那个地方呀，朝廷管起来可有点困难呢，毕竟不是汉族聚居的地方嘛。那朝廷对这些地方咋办呢？任命你当长官，正三品哦！不过呢，你们家可以世袭罔替，所以这地方基本上就跟一个个独立的小王国差不多。这些小王国呀，在自己的领地上那可真是想干啥就干啥，欺负男人，霸占女人，坏事做尽，朝廷拿他们也没办法。还好鄂尔泰提议改土归流，这不仅消除了土司制度的弊端，还加强了朝廷对当地人的管理呢。对于那些不法的土司和造反的苗民，剿抚并用，效果那是相当好。20 年来的苗民叛乱，在鄂尔泰手里一年时间就给平定了。而且这政策，对后世影响可大了去啦！
但土司们怎会轻易放弃世袭特权？在“改土归流”的过程中爆发了多次冲突。例如在川南，乌蒙土府、镇雄土府等多次叛乱，军队达数万之众。鄂尔泰派军镇压后，最终平定了四川土司之乱，随后将东川、乌蒙、镇雄三地并入云南。在云南，被废的镇沅土府首领刁瀚不肯交出土地，引发叛乱并杀害镇沅府知府刘洪度。清军闻讯后迅速反击，平定了叛乱。清军继续西进至滇西，直至孟养土司。此前，明朝