熙十三年（1674年）吴三桂带头掀起了三藩之乱，三藩也就是云南平西王吴三桂、广东平南王尚可喜、福建靖南王耿精忠。
三藩之乱爆发后，福建耿精忠举兵叛乱，率兵攻入浙江境内，浙江台州、温州均被耿精忠所攻陷，这时候赋闲在家的姚启圣觉得应该平叛报国，于是散尽家财招募乡勇，他带着招募来的乡勇投到了康熙派来平叛的正红旗旗主、礼亲王代善的后人康亲王杰书的麾下。
随后几年中姚启圣一直跟随康亲王杰书对耿精忠进行剿灭，康熙十五年（1676年），姚启圣一直跟随杰书攻到福建，这一年杰书光复福建，耿精忠投降，后来在三藩之乱平息之后遭凌迟处死。
姚启圣在跟随杰书收服福建战斗中非常英勇，得到了杰书的认可，当然，这其中也跟姚启圣在中央有人有很大关系，姚启圣的亲妹夫乃是康熙朝初期汉人大学士黄锡衮，自古以来就是朝中有人好做官。
正是黄锡衮当初拜托杰书关照大舅哥姚启圣，外加姚启圣作战确实勇猛，所以杰书才十分重用姚启圣，表功时杰书也把姚启圣立为头功上表康熙，因此康熙才知道有姚启圣这么一号勇将，姚启圣也因平定耿精忠叛乱的功劳被康熙任命为福建布政使，这属于地方大员了，一省第二号人物了。
吴三桂在兴起叛乱之初就曾经秘密联络台湾的郑成功之子郑经，希望郑经从台湾出兵登陆福建漳州和泉州共同打击清政府，同时为了响应郑经，吴三桂还派出勇将韩大任从江西出兵入福建与郑经会师。
结果就是吴三桂部下的这名勇将韩大任看到福建耿精忠被灭，有预感三藩之乱早晚要失败，于是起了投降之心，恰好韩大任与姚启圣曾有一面之缘，于是姚启圣单身入营劝降了韩大任，所以韩大任所部3000余人全部被姚启圣收编。
姚启圣带领韩大任直接将驻扎在漳州和泉州的郑经击退，郑经一看韩大任投降了，吓得赶紧撤军回了厦门，姚启圣很顺利的就收复了漳州和泉州。时任福建总督郎廷佐十分看好姚启圣，恰好郎廷佐当时病重准备退休，临退休前郎廷佐向康熙保举姚启圣接替自己出任福建总督，于是康熙批准了郎廷佐的建议，姚启圣出任福建总督。
也就是从姚启圣出任福建总督起，他才和收复台湾结下了渊源