南，吴世璠退守昆明，急调夏国相、胡国柱、马宝等回师增援，吴世璠与郭壮图等驻守五华山与清军作最后一搏。围城相持九个月后，清军于次年（1681年）攻陷昆明，吴世璠兵败自杀，三藩之乱至此平定。
吴三桂的失败其实是有多方面的因素的，最大的因素就是政治立场不定，他在反清的过程中，从忠于明朝对抗清朝，到最后自立为帝。这样反复无常让全天下人都看到了他自己最真实的嘴脸，也看出来这货在政治上真是没啥本事，其次就是战略的失误，他的军队表面看起来很强大，他选择进军江南而不是陕西，最后又让另一个反复无常的小人王辅臣结结实实的给坑了一把。最后就是经济上的困境，长期的战争损耗导致农业受到了巨大的影响，粮食短缺，而且战争就是一个吞金兽，他不得不加重赋税，导致了最后民生凋敝，还有最后尚之信和耿精忠两位藩王的倒戈，使得他的军队在经济上难以为继。反观清朝这边无论是康熙的才能，还是军事的因素包括政治的立场和外交的因素都是占上风的，所以他的失败是一开始就注定了的。所以吴三桂是前半辈子为了清朝叛变了明朝，后半辈子又叛变了清朝，所以他的政治号召力和法统性基本没有，就连后世对他的评价也不是很高。
清廷通过平三藩稳固了自身的统治，除台湾郑经势力仍奉明为正朔之外，余皆一统于清朝版图之内。此役，清廷除了充分使用满洲旗兵外，也大量使用以汉人组成的绿营兵为主力来对应兵源与战力的不足。至此，清朝彻底废除藩镇制度、并废除参与作乱的察哈尔部，而由朝廷直接统辖，清廷的统治力大为增强。少年康熙皇帝在整个战争过程中临危不乱、调度有方，正是这样才有了后来的康熙大帝。康熙帝拒绝了群臣上尊号的请求，对清廷之前施政方面的一些不当、不足之处进行了自省，并整饬吏治、推行了一系列缓和民族、社会矛盾和支持生产的政策。此外，康熙帝通过祭拜明陵、开博学鸿词科等方式对汉人士人进行拉拢。这样清廷的统治才日渐稳固。