同时，他还引入了新的教学方法，倡导启发式教学，鼓励学生们独立思考，积极讨论。
然而，这一改革一经推出，就遭到了部分老学究的强烈反对。他们认为，国子监自古以来传承的是圣贤之道，教学内容应当以经典为主，不应随意更改。
萧谨言则回应道：“圣贤之道固然重要，但天下大势变迁，社会也在不断进步。我们培养的人才，既要通晓古典，也要了解当下，才能真正为国家所用。”
此外，萧谨言还推行了学生自主选择课程的制度，允许学生根据自己的兴趣和未来的职业规划选择相应的科目学习。
这个制度在年轻学生中受到了热烈欢迎，但一些老学究对此非常不满。他们认为，这种改革打破了国子监多年来的传统教育模式，削弱了学生对经典的尊重和理解。
一位年长的学士，庄夫子，当众质疑萧谨言：“萧国子丞，这种自主选择课程的做法是否会导致学生们丧失对经典的尊敬？难道他们的学业不应该由师长们来指导，而是由他们自己来选择？”
萧谨言并未回避这个问题，他坦然答道：“庄老，学生自主选择并不意味着放弃经典。相反，我们是在尊重学生个性化发展的基础上，帮助他们更好地掌握知识。我们希望他们不仅仅是背诵经典，更能在实践中运用所学，成为对国家和社会有用的人才。”
然而，改革的阻力并不仅限于教学内容。萧谨言还发现，国子监的管理体制存在许多弊端，尤其是在行政效率方面，层层汇报和繁文缛节导致了许多重要决策的拖延。
他主张简化管理流程，提高行政效率，减少不必要的会议和冗杂的文书工作。
这一改革再次触动了某些老学究们的神经。一些人认为，国子监的管理体系延续了百年，不能轻易改变。
萧谨言顶住压力，力排众议，毅然推动了改革。他强调：“提高效率，是为了更好地服务学生和学术发展。我们不能让学生和学者的时间浪费在无谓的等待和手续上。”
改革的过程中，萧谨言与这些老学究之间的碰撞在所难免。曾有一次，国子监的会议上，一位德高望重的老先生公开指责萧谨言：“你这是在急功近利，不顾传统，不尊重老一辈的经验和智慧。”