着皇室宗亲躲到李筠营中。护跸都头李居实也率本部支援，形势有所缓和。
昭宗听说王行瑜、李茂贞要来迎驾，担心被他们挟持，遂在李筠、李居实的护卫下撤往终南山，暂驻于莎城镇（陕西西安长安区东南）。
长安市民跟随前来的有数十万人之众，到达谷口由于天气炎热，渴死了近三分之一。夜晚时分，市民又遭到乱匪抢劫，哭声响彻山谷。
七月初七，李克用进入同州（陕西渭南大荔县）。
七月初九，昭宗迁往石门镇（陕西西安蓝田县西南五十里），派薛王李知柔返回京城守卫宫禁。
七月十一日，李克用派判官王瑰前来问候昭宗起居。
七月十二日，安定下来的昭宗派内侍郗廷昱颁旨李克用，令他与王珂出兵进击邠州，对付王行瑜。又诏令泾原节度使（治所位于甘肃省平凉市泾川县）张鐇发兵，控扼凤翔。
李克用率兵攻打华州（陕西渭南市华州区），韩建在城楼对着攻城的河东军大声呼喊：“我从未做过对李公无礼的事，为什么打我？”
李克用派人转告他：“你身为人臣，竟敢驱逐天子，如果这都能叫有礼，什么才是无礼！”
这时郗廷昱赶来告之李克用，李茂贞率三万人进抵周至（陕西西安周至县，在长安西南），王行瑜领兵到达兴平（陕西咸阳兴平县，在长安西北），都说要劫持圣驾。李克用这才解除华州包围，率军屯驻渭桥（长安附近）。
八月初五，李克用派大将李存贞为前锋，从渭桥进发。另派大将史俨，率三千精骑，驰奔石门护驾（陕西西安蓝田县西南五十里）。
初七，李存贞攻占邠宁所属永寿县（陕西咸阳永寿县）。
初九，李克用将领李存信、李存审，会同鄜坊节度使（治所坊州，即陕西延安黄陵县）拓跋思孝，向梨园寨（陕西咸阳淳化县）发起猛攻，生擒李荗贞所部将领王令陶等人。
李茂贞深知沙陀“鸦军的”厉害，当即把干儿子李继鹏斩首，将他首级送到石门向昭宗请罪，同时派使者找李克用讲和。
昭宗想让李茂贞领情，答应不再追究。又派李戒丕、李允两位亲王前往劝说李克用，让他放过李茂贞，合力进讨王行瑜，并拜李克用为兄长。