经过近一个月的准备，高宗于十二月十六日下达作战命令，计划兵分四路，从海、陆两个方向进讨。其中：
浿江道（今朝鲜义州）行军大总管由左骁卫大将恝苾何力担任；
辽东道行军大总管由左卫大将军苏定方担任；
平壤道行军大总管由左骁卫将军刘伯英担任；
镂方道行军总管由蒲州刺史程名振担任。
这四路唐军的总指挥，除刘伯英声名不显，其他三人都是百战名将。
就在唐军紧锣密鼓的准备期间，却发生了一起改变未来事态进程的亡人事故。
门下省给事中刘仁轨因得罪了宰相李义府，被平调到青州做刺史，奉命押运粮船渡海保障。当时风大浪急，根本不具备出海条件，李义府却催逼他即刻发船，导致粮船遇风在海上翻覆，淹死众多船夫。
李义府在高宗面前诋毁刘仁轨办事不力，请求把他斩首严明军纪。还好当时的朝廷风清气正，中书舍人源直心秉公直言：“仁轨无罪，海风暴起，非人力所能抗衡。”高宗采纳了源直心意见，把刘仁轨撤职，让他以平民身份从军效力。
这一决定，不仅为后来的大胜埋下了伏笔，还为大唐保留了一位贤良宰辅。
龙朔元年（661年）三月，大唐首任熊津都督王文度病故。百济僧人道琛、大将福信借机聚众占据周留城（今韩国扶安），并从倭国迎回王子扶余信拥立为王，率兵包围了刘仁愿。
消息传到大唐，高宗就地起用已经到达百济的刘仁轨，让他代理带方州刺史，统率王文度旧部支援刘仁愿。刘仁轨喜出望外的对众人说：“这真是天降富贵，老夫我势要扫清东夷，让大唐历法颁行海外。”
刘仁轨起自州郡，在陈仓做县尉时，因折冲都尉鲁宁横行不法将他处死。太宗因他擅杀武将本想斩了他，全凭魏徵力谏得以存活，调任栎阳县丞，靠着自身能力一步步做到了正五品的给事中，素以直言敢谏着称。
他虽是文官，却胆大心细，深谙兵法韬略。唐军在他统领下转战而前，所到之处势如破竹。
百济在熊津江口（今朝鲜南部锦江）竖起两层木栅，刘仁轨率领所部与新罗合力猛攻，阵斩万余人。道琛只得解除包围，退入任存城（今韩国忠清