己的无能，洛伊马斯坦中佐命令爱德华分析肖·塔卡留下来的研究成果，爱德华违反了这冷酷无情的命令,自己一人开始追查杀害尼娜的凶手
感觉到自己的渺小和无能,为了达成自己的目的,爱德华决定成为『军队的走狗』国家錬金术师，就在这时候,爱德华收到洛伊马斯坦中佐的第一个命令
在回程向洛伊马斯坦中佐报告的中途,爱德华二人在“水之都阿克洛亚”下了车，“水之都阿克洛亚”是有名的观光都市,据说最近出现了身份不明的怪盗赛壬，唯一得到的线索就是,这名怪盗也会使用錬金术，爱德华和阿尔丰斯受到当地的刑警委托协助调查
听说了贤者之石的传闻,爱德华和阿尔丰斯来到金矿镇杰诺泰姆，往昔繁华的都市现在变得荒芜,镇上的人都把最后的希望寄托在马戈瓦尔研究的贤者之石身上，爱德华在那里发现了假冒的艾尔林克兄弟
拉塞尔·特林汉姆和弗莱查·特林汉姆假借艾尔林克兄弟之名继续贤者之可的研究，拉塞尔受马戈瓦尔的命令,为了利用红水制造出贤者之石,实行了某种方法但他们无论怎样也不能实行这方法,因此被捕囚禁在地下监狱
为完成作为国家錬金术师的调查报告,爱德华和阿尔丰斯来到了军队的东方司令部，爱德华向马斯坦大佐查问他在金矿镇杰诺泰姆听到有关蒂姆马鲁克医生的传闻失败，于是爱德华想到了一个办法,他以蒂姆马鲁克医生的情报作为赌注,跟马斯坦大佐进行模拟战斗
元国家錬金术师蒂姆马鲁克医生在过去的伊斯巴尔内战中,从军队中逃跑出来，爱德华和阿尔丰斯为了寻找这位贤者之石的研究者来到海德村，爱德华想他交出从军队中拿出来的贤者之石的研究资料
爱德华和阿尔丰斯被斯卡追赶得走投无路,幸好在千钧一发之际得到阿姆斯特朗的帮助，于是带着蒂姆马鲁克医生逃脱。得知斯卡是伊斯巴尔人后,蒂姆马鲁克医生回忆起当日的战争,伊斯巴尔内战的凄惨真实
为了修理被斯卡破坏的机械铠甲,爱德华和阿尔丰斯决定回到利赞布鲁
从蒂姆马鲁克医生那里秘密得来的留言里记载着贤者之石的研究资料存放的地点，那地点就是中央图书馆的第一分馆，爱德华和阿尔丰斯跟从这好不容易到手的线索再