季佩佩共出场25次，最终帮助球队成功卫冕西甲冠军。
在2008到09赛季，佩佩一直饱受伤病困扰，并因恶意犯规被长时间禁赛。2009年4月21日，西甲联赛第32轮，在皇马主场对阵赫塔菲的比赛中，佩佩因对卡斯奎罗严重犯规被红牌罚下，赛后西班牙足协也对其进行了追加处罚，佩佩本赛季宣布提前结束。
下赛季，佩佩停赛期满重回皇马主力阵容。12月12日，在皇马3：2战胜瓦伦西亚的比赛中，上半场佩佩起跳争顶落地后受伤，被诊断为右膝前交叉十字韧带断裂，这是佩佩职业生涯中遭遇到的最严重伤病，并无缘该赛季剩余比赛。
2010到11赛季，穆里尼奥上任成为皇马主帅。2011年7月12日，佩佩与皇家马德里续约至2015年，税后年薪将高达400万欧元，这使得佩佩成为世界足坛第六高薪的中后卫。佩佩和里卡多卡瓦略组成皇马中卫搭档，成为西甲防守最稳定中后卫组合之一。在本赛季最后阶段，皇马在18天内4战巴塞罗那，其中包括西甲联赛、国王杯决赛、欧冠半决赛。
2011年4月27日，在欧冠半决赛首回合比赛中，下半场佩佩蹬踏阿尔维斯被直红罚下成为本场比赛的转折点，随后梅西梅开二度皇马主场0：2负于巴塞罗那，最终无缘欧冠决赛。
2012年1月18日，在国王杯四分之一决赛中，皇马首回合1：2不敌巴塞罗那，梅西在一次拼抢中受伤倒地佩佩踩踏其左手，但当值主裁并未看到也未给出处罚，赛后这一事件受到了西班牙媒体的强烈谴责，佩佩也因此遭遇西班牙足协警告。
2012年3月21日，皇马在客场被比利亚雷亚尔1：1逼平，赛后，佩佩因在球员通道辱骂裁判被西班牙足协追加禁赛两场。该赛季，佩佩和拉莫斯组成了极其稳健的中后卫组合，佩佩在西甲出场29次，各项赛事共出场45次，打进1球，帮助皇马第32次夺得西甲联赛冠军
2012年8月19日，在2012到13赛季西甲联赛揭幕战中，皇马客场1：1战平瓦伦西亚，佩佩在比赛中与自家门将卡西利亚斯相撞被送往医院。佩佩在穆里尼奥执教的前两个赛季均是主力首发人选，该赛季佩佩因与穆里尼奥发生冲突，逐渐失去主力位置，而