入朝之后，后勤问题也十分严重，朝鲜君臣对于明军阳奉阴违，从中央到地方，大多拒绝承担军粮供给的任务，就地筹粮十分困难，而日军自古以来就没有什么成熟的粮道战术，习惯走到哪抢到哪，再加上丰臣秀吉筹备严密，规划了军粮军资，后勤倒是没什么问题。
这一问题在当年左念微率军入朝时也存在，只不过当时情况又有所不同，除了南洋军吸取了明军的教训，且近代军队的后勤更成体系外，朝鲜小朝廷的权利被日军剥夺，中枢失能也占有一定的因素，虽然地方上阳奉阴违的境况也很多，但由于有东学党义军的协助，大义又站在南洋军这一边，因此就地筹粮还是比较顺利的。
只能说，仗义每多屠狗辈，负心多是读书人。
当初的万历朝鲜之战本身就延宕许久，因而在其中也有诸多不同的方案，虽说老朱将日本列为了“不征之国”，但所谓的祖宗规矩从来都不是不能打破的，只不过要考虑是否契合多数人的利益。
而那时的境况恰好如此，大明朝野间曾经掀起过一场东征的广泛讨论，发兵日本这一计划得到了朝廷的认可，一度付诸于前期准备，但最后因为实际情况不允许而不了了之。
至于最早的构想，其实早在万历十九年就出现了，那时明军尚未入朝，两广总督刘继文便上疏建议可以让葡萄牙人去打日本人，即所谓“借夷平倭”，不过并未得到重视。 但随着朝鲜被日本打得落花流水，三千里江山顷刻覆灭，明朝才开始关注朝鲜的战事，只不过此时依然称不上重视。
次年，太仆寺少卿张文熙提议，以浙、南直隶、闵、粤四个省各出兵一万五千人，总共六万兵马登陆日本，一劳永逸解决倭寇祸患。
这个方案得到了一定的关注，之后几年，随着战事进入白热化阶段，远征日本的构想也逐渐被完善。
万历二十二年，福建巡抚许孚上疏，反驳了朝中“元朝征日大败”来反对发兵的言论，认真估算了军费和兵力，造船两千艘、练兵二十万。
虽然这个方案还很夸张，但大致框架已经确定。
等到万历二十六年，御史徐兆奎也上疏提议征倭捣巢，兵部在其奏疏基础上加以完善，确定以浙、闵、粤为核心，在朱翊钧准奏以后，调兵遣