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唐时称“大食法”，宋代被为“大食教度”。
伊斯兰教进入新疆地区最早是在10世纪初（中国的五代时期），维吾尔族在古代被称为“回纥”或“回鹘”，建立汗国后接受伊斯兰教为国教，以武力推行，用军事行动战胜于阗一带的佛教势力，在南疆确立了伊斯兰教主导地位。
元朝是伊斯兰教在中国普遍传播的时代。公元1219年至1259年，41年里蒙古军队3次大规模西征，把大食、波斯、中亚等地信奉伊斯兰教的各族人迁徙至中国。
这些身份不同、族群不同的人，元代统称他们为回回。
这些西方来的穆斯林，分布于全国各地，成家立业，形成穆斯林居住区。不少境内土著人因结婚等问题加入穆斯林。
这时穆斯林在中国的社会地位大大提高，在中央、地方政府中也有了穆斯林的身影。穆斯林的学者和宗教职业者还享受免赋、免差、免役等特殊待遇。
随着穆斯林人数和清真寺数量的不断增加，具有中国伊斯兰教特点的清真寺职能管理制度——三掌教制形成。宗教思想与儒家学说接近。
这时伊斯兰教成为与其他宗教并行的独立宗教信仰，基础是几个信仰伊斯兰教的民族，即回族、撒拉族、东乡族以及新疆维吾尔族，还有于17世纪接受伊斯兰教的蒙古、回、汉、藏等民族混血的保安族。
这是唐宋时期的“化外之民”，成为了具有本土意识的中国穆斯林。
明代是伊斯兰教在中国的本土化的时期。此时的伊斯兰教信奉者已经不是唐宋时期的侨民，也不是元代外来人，而是本土伊斯兰教信仰者群体。
朱明王朝建立后推行同化政策，穆斯林开始说汉语、改汉姓、穿汉装。而且在当时的大背景下（明初闭关锁国政策）中外伊斯兰文化的交流被切断。
伊斯兰教的中国本土化成为必然的、唯一的选择。以清真寺为校舍的办学形式、“以儒诠经”的讲经方法，形成了中国伊斯兰教的特色教育制度。
伊斯兰教的文化与中国的传统文化开始了交融。既满足了穆斯林自身生存与发展的空间，又可得到中国传统文化主导下的社会各阶层对伊斯兰教的认可。
清朝是伊斯兰教在中国